曙海教学优势
该课程面向企事业项目实际需要,教学以实用为导向，秉承21年积累的教学品质，GROMACS 培训学习学校以项目实现为导向,老师乐于分享项目经验。上门/线上/线下皆可,小班面授,互动直播任选.专注技术培训,匠心服务,实战教学。上门/线上/线下皆可,GROMACS 培训学习学校专家,课程可定制,热线:4008699035。
大批企业和曙海
建立了良好的合作关系,合作企业30万+。我们课程培养了十几万受欢迎的工程师，在业内有着响亮的知名度，同心致远，用心服务。
适用于分子模拟、计算化学、生物物理、生物信息等领域的新手和进阶用户。重点覆盖工具原理、基本操作、分子动力学模拟流程、分析方法和高效实践等内容，也可灵活根据领域需求调整。
第一天：GROMACS基础与标准分子动力学模拟流程
1. 培训导入与课程目标
GROMACS 简介与应用领域概览
与其他分子模拟工具（NAMD、AMBER等）的对比
培训目标与内容说明
2. GROMACS软件环境与基本操作
软件安装、配置和依赖环境（Linux/Windows/Mac）
常用命令和脚本基本用法
GROMACS文件体系结构与命名规则
3. 分子模型的准备
结构文件（PDB/XYZ）预处理与修正
使用pdb2gmx生成拓扑文件
力场（force field）介绍与选择（如amber、charmm、gromos等）
受体配体/蛋白/小分子体系准备要点
4. 模拟体系构建与溶剂化
构建模拟盒子（editconf）
溶剂化（solvate）、加离子（genion）
检查结构合理性与常见错误修复
5. 能量最小化与体系平衡
能量最小化操作（em.mdp参数含义）
NVT/NPT 平衡模拟步骤及意义
常见 mdrun 选项与参数设定
日志（log file）、能量、轨迹等输出文件初步解析
6. 当日实操：从PDB到能量最小化
全流程动手指导：PDB处理→添加力场→溶剂化→加离子→能量最小化
学员问题解决与重点回顾
第二天：进阶动力学模拟、数据分析与高效实践
1. 分子动力学生产运行
配置与运行MD生产模拟（md.mdp参数详解）
多步长模拟、温控和压控常用方案
并行计算与性能优化建议（多核/多GPU）
2. 轨迹分析与结果解读
轨迹（trajectory）处理与格式转换（trjconv）
常用分析命令：RMSD（gmx rms）、RMSF、径向分布函数（gmx rdf）、氢键分析（gmx hbond）、二级结构（gmx do_dssp）
能量、温度、压力与密度等宏观参数分析
结果可视化工具（VMD、PyMOL、Grace等）介绍
3. 进阶模拟与特殊应用
多组分或大分子体系设置（如蛋白复合物、膜蛋白等）
小分子/配体参数化与工具对接（如ACPYPE、CGenFF）
常见问题及轻松排错方法
复现性与实验设计常见注意事项
4. 数据管理与自动化流程
输入/输出文件管理规范
批量模拟脚本与分析自动化（bash、python等简单示例）
典型高通量模拟方案介绍
5. 项目案例演练
分组完整实操：标准蛋白体系建模、动力学模拟及结果分析
小组/全体答疑与技能巩固
